日前，经中国精品科技期刊（国家科技部中国信息技术研究所）遴选指标体系综合评价，《南京中医药大学学报》（自然科学版）入选 “第3届中国精品科技期刊”，即“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”项目来源期刊。有效期从2014年9月至2017年12月。F5000项目领导小组由2位院士担任组长，领导小组成员来自国家科技部、新闻出版总署、中宣部、卫生部、中国科协、国家自然科学基金委、国家教育部等科技期刊的管理部门。

《南京中医药大学学报》（自然科学版）2014年度共有16篇论文入选“中国精品科技期刊顶尖学术论文（F5000）”，其中有段金廒《中药药对配伍组合的现代认识》《中医方药量-效关系科学问题的探讨》，章永红《论癌症从虚毒治疗》《论癌症治疗的三大原则》，唐于平《药对量效关系研究的认识与思考》，叶丽红《原发性肝癌的中医治则与治法探讨》，吴承玉《五脏系统病位特征与基础证的研究》等。